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Coronavirus: ce que les virologues n’ont pas encore découvert – Edition du soir Ouest-France

Par Anne GOFFARD, médecin, professeur d’université, médecin hospitalier, Université de Lille

La pandémie de Covid-19 en cours est une occasion sans précédent pour les virologues d’assister «en direct» à l’évolution d’un nouveau virus. Qu’ont-ils appris l’année dernière? Faisons le point avec le professeur Anne Goffard, spécialiste des coronavirus.

L’émergence du SRAS-CoV-2 et sa propagation à travers la planète est une opportunité sans précédent pour les virologues de voir “en direct” l’évolution d’un nouveau coronavirus. Équipés d’outils plus performants que jamais pour analyser les causes et les conséquences, qu’ont-ils appris au cours de la dernière année? Entretien avec Anne Goffard, spécialiste des coronavirus, résumant l’état actuel des connaissances.

Anne Goffard, le SRAS-CoV-2 a envahi la planète début 2020, provoquant la pandémie de Covid-19. Comment la connaissance de ce virus a-t-elle progressé?

Avant le début de l’épidémie, il n’y avait pas de tests sérologiques pour les coronavirus. Il n’y avait ni vaccins, ni traitements, et on savait peu de choses sur la façon de gérer les patients. En un an, des outils de diagnostic RT-PCR spécifiques pour le SRAS-CoV-2 ont été développés, des tests sérologiques ont été développés et maintenant nous avons différents vaccins. Ces avancées, qui devraient permettre de maîtriser la pandémie, ont été réalisées rapidement, même si cette période d’un an peut paraître longue.

Bien sûr, il n’y a toujours pas de traitement spécifique pour le SRAS-CoV-2, mais nous avons beaucoup appris et rapidement sur les aspects cliniques. Les soins aux patients ont énormément changé par rapport à ce qu’ils étaient il y a un an, lorsque nous étions moins familiers avec la maladie. Nous savons maintenant quand utiliser des corticostéroïdes comme dexaméthasone, comment traiter les formes sévères avec une prise en charge moins agressive que dans les premiers stades, etc. En conséquence, les décès ont diminué.

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Plusieurs vaccins contre les coronavirus sont désormais disponibles. (Photo: Yasin Akgul / AFP)

En revanche, nous avons moins progressé dans notre connaissance du virus lui-même et de son interaction avec le système immunitaire …

Effectivement. Les réponses viendront progressivement, dans un an, deux ans … C’est une recherche qui prend beaucoup de temps, car il s’agit de virologie fondamentale.

Il faut d’abord pouvoir reproduire la multiplication du SRAS-CoV-2 sur des cellules cultivées en laboratoire. Les outils existaient, mais il fallait les adapter à ce nouveau coronavirus, ce qui prenait du temps. Une fois ces méthodes développées, les différents spécialistes peuvent commencer à mener leurs recherches: les immunologistes vont tenter d’identifier les voies d’immunité que le virus active ou désactive, les virologues fondamentaux leur font produire des protéines virales modifiées pour étudier leur interaction avec différents des composés cellulaires comme le récepteur ACE2, le “bloc” utilisé par le SARS-CoV-2 pour ouvrir un passage lui permettant d’entrer dans les cellules …

Une fois les premières données obtenues, il faut les valider, les comparer avec les données d’autres groupes de recherche… Certains travaux ont déjà généré des résultats. Par exemple, la glycoprotéine de Spike a été caractérisée très rapidement (cette protéine, présente en de nombreuses copies à la surface du virus, interagit avec le récepteur cellulaire ACE2 et permet au SRAS-CoV-2 d’entrer dans les cellules). Pouquoi ? Parce que nous savions, d’après notre expérience avec d’autres virus, que c’est la protéine qui produit les réactions les plus fortes du système immunitaire. Il est donc important pour le développement de vaccins. Afin d’entamer des recherches sur ce sujet, il était essentiel de connaître un certain nombre de caractéristiques de cette protéine.

Image microscopique du SRAS-CoV-2 avec les protéines Spike colorées en rouge. (Photo: Alissa Eckert, MS / Dan Higgins, MAM / CDC / via Reuters)

Quelles sont les prochaines étapes?

Les résultats qui seront les plus intéressants sont les résultats sur la caractérisation des enzymes virales, qui seront la polymérase et les protéases du virus. Le premier lui permet de copier son propre matériel génétique, étape essentielle pour sa multiplication dans les cellules infectées. Ces derniers sont des types de «ciseaux» qui sont utilisés pour mettre à l’échelle les protéines qu’il produit à partir de ces cellules, comme ceux qui composent sa capside virale (la coquille qui protège le matériel génétique du virus). Cette étape est essentielle pour les rendre utilisables.

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La polymérase et la protéase sont des cibles très importantes pour les médicaments antiviraux. Les traitements anti-VIH contiennent une anti-protéase et une anti-transcriptase inverse (le nom de la polymérase du VIH). Pour développer des antiviraux efficaces, il est important de se familiariser avec ces enzymes. Vous devez d’abord être capable de comprendre la structure tridimensionnelle, afin que les chimistes qui conçoivent des médicaments puissent créer des molécules qui «collent» aux parties importantes de ces enzymes, les empêchant de fonctionner.

Ce n’est pas facile, car pour les étudier il est nécessaire de produire de grandes quantités de ces enzymes, avec un degré de pureté très élevé (afin de ne pas perturber les analyses très précises qui seront effectuées ultérieurement).

Un autre résultat attendu est celui de la recherche sur “vaccins universels”. L’idée serait de développer avec succès des vaccins qui déclenchent la production d’anticorps neutralisants à large spectre (neutraliser largement les anticorpsou bNAb). Ces anticorps cibleraient des motifs protéiques stockés à la surface de virus apparentés, ce qui les rendrait efficaces contre divers variants en circulation. Les travaux sont réalisés depuis plusieurs années sur le VIH en particulier.

Enfin, les personnes qui étudient l’épidémiologie virale s’attendent à voir émerger des variantes plus adaptées aux humains. En fait, nous savons que lorsqu’un virus infecte un nouvel hôte, il faut un certain temps pour s’y adapter, mais il finit généralement par le faire. Donc, il perd sa virulence. Ces mécanismes sont bien connus pour le virus de la grippe: après un an ou deux, les virus responsables des pandémies de grippe disparaissent et deviennent des virus de la grippe épidémique, revenant chaque hiver.

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Un chercheur de l’Université d’Aalborg, au Danemark. (Photo: Henning Bagger / AFP)

Aucune atténuation de ce type n’a encore été observée pour le coronavirus. Cela n’est pas forcément surprenant, car contrairement au virus de la grippe, les coronavirus disposent d’un mécanisme de correction des erreurs qui peuvent survenir lors de la copie de leur matériel génétique. Par conséquent, ils évoluent moins rapidement: l’émergence de variantes a été considérablement plus longue que dans le cas de la grippe. Dans leur cas, c’est la première fois que nous voyons ce processus, donc nous ne savons pas combien de temps cela prend.

Les origines du virus restent également à clarifier?

Oui, bien que nous soyons certains que le virus provient de la chauve-souris, nous ne savons pas encore quel hôte intermédiaire (ou hôte intermédiaire) lui a permis de passer de cet animal à l’homme. On pensait autrefois qu’il s’agissait du pangolin, mais il s’est finalement avéré improbable.

L’identification d’hôtes intermédiaires est importante car elle permet de comprendre les mécanismes qui ont conduit à l’émergence du virus chez l’homme, et donc de proposer des mesures pour éviter de nouvelles urgences. Il s’agit d’enquêtes très longues, qui nécessitent la mobilisation de naturalistes capables d’identifier les espèces asiatiques éventuellement impliquées, de prélever des échantillons sur la faune, de les analyser, etc. Cela prend également beaucoup de temps.

La version originale de cet article a été publiée dans La conversation.

La conversation

Delphine Perrault

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