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Coronavirus dans les eaux usées: ce que révèlent les dernières données

Bien sûr, nous sommes habitués à rechercher le coronavirus SRAS-CoV-2 au plus profond de notre nez, mais nous pouvons également le suivre dans les eaux usées. C’est tout l’objectif du projet Obépine, lancé au printemps dernier par une poignée de chercheurs et Supporté par le ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche pour 3,5 millions d’euros.

Plus de 150 stations de traitement dans toute la France ont été sélectionnées pour rejoindre le réseau de surveillance Obépine. Habituellement, deux séries d’échantillons sont prélevées chaque semaine. Les résultats d’une trentaine de sites (dont six en Île-de-France) ont été dévoilés lundi, alors qu’ils étaient auparavant restés secrets. Certains élus locaux se sont montrés réticents à le faire, notamment par peur d’être pointés du doigt. Seules les courbes de la région parisienne, par exemple, étaient parfois rendues publiques.

Indicateur unique

Le Parisien s’est emparé de ces nouvelles tendances, juste avant leur mise en ligne sur le site Obépine (les données cryptées ne sont cependant pas encore des données ouvertes). C’est le gène E du génome du SRAS-CoV-2 qui permet de déterminer la concentration du virus dans les eaux usées. Ces données ont ensuite été réduites à un seul indicateur, afin de permettre des comparaisons entre les stations. Pour cela, différents critères ont été pris en compte, comme la pluviométrie et la population couverte par la station (plus ou moins nombreuse).

Lorsqu’il est infecté, le virus «intègre également le système digestif et il y a une grande quantité de génome viral dans les selles des patients», explique Laurent Moulin, responsable du laboratoire de recherche et développement à Eau de Paris, partenaire du projet. . L’avantage est de pouvoir détecter la présence du virus beaucoup plus tôt qu’avec une PCR classique ou un test antigénique. Car même si nous sommes encore asymptomatiques et que nous n’avons pas encore franchi la porte d’un laboratoire ou d’une pharmacie pour être testés, le virus peut déjà être présent dans notre organisme.

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Les nouveaux résultats témoignent de situations qui varient considérablement d’une région à l’autre, et parfois même en leur sein. En Île-de-France, par exemple, la tendance à la hausse observée il y a deux semaines au niveau régional semble se confirmer à certains endroits, mais pas à d’autres. La concentration du virus augmente depuis mi ou fin décembre dans le nord-est de la Seine-Saint-Denis et autour de Lagny-sur-Marne (Seine-et-Marne). Au contraire, les courbes sont globalement décroissantes depuis plusieurs semaines pour deux des gares du bassin versant de l’agglomération parisienne, celle du sud-est et celle du nord-est de la capitale.

«Jusqu’à présent, toutes les stations étaient plus ou moins cohérentes et leurs résultats allaient dans le même sens», souligne le mathématicien et professeur à l’Université de la Sorbonne Yvon Maday, co-fondateur d’Obépine. Plusieurs explications possibles sont proposées: «peut-être la variante anglaise [qui serait plus contagieux] circule plus à un endroit qu’à un autre, ou qu’il existe des différences de mouvements de population en surface “, dit-il. Ces tendances restent cependant à confirmer dans le temps et en tout cas nous restons à des niveaux” élevés “, similaires à ceux atteints en dernier L’automne.

Un effet du couvre-feu de 18h?

Les relevés montrent également une augmentation à Marseille, où «la tendance a été soutenue par les fêtes de fin d’année», écrivent les chercheurs. A l’inverse, les courbes sont à nouveau en baisse dans plusieurs villes de l’est de la France, comme Strasbourg et Reims, mais le niveau de concentration de virus reste élevé.

S’il est encore trop tôt pour établir un lien de causalité, le couvre-feu de 18 heures imposé dans quinze jours puis 25 départements dans la moitié est du pays depuis début janvier ont peut-être participé localement à la relance du processus. diminution de la concentration de virus dans les eaux usées.

Là où les courbes montent, on peut craindre que celui des nouveaux cas détectés en surface suive la même tendance quelques jours plus tard. Déjà en Île-de-France, le nombre de nouveaux cas par jour (en moyenne sur la semaine écoulée) vient d’augmenter de 10% en dix jours, selon Santé publique France. «Quand on voit émerger une tendance à la hausse sur les deux indicateurs, les eaux usées et le nombre de nouveaux cas, il n’est pas nécessaire d’être polytechnique pour comprendre que la situation se dégrade», souligne le virologue de la Sorbonne-Université Vincent Maréchal, co-fondateur de Obépine.

Le défi posé par les variantes

Comme tout indicateur, l’indicateur de concentration de virus dans les eaux usées ne doit pas être analysé isolément. Il faut donc rester prudent dans la manière de l’interpréter, même si elle peut donner une bonne idée de la situation épidémiologique d’un territoire. Ces données ont été transmises aux différentes régies régionales de la santé. «Nous avons pensé dès le départ qu’il s’agissait d’un indicateur pertinent et précurseur, fournissant des informations que les autres n’ont pas», explique Yvon Maday.

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Cela pourrait également s’avérer crucial alors que la perspective d’un troisième confinement se profile en raison de la propagation annoncée des différentes variantes du virus. Connaître leur proportion dans les eaux usées est également le principal défi des chercheurs d’Obépine. Une technique de séquençage a été développée, mais il est encore trop tôt pour confirmer son efficacité.

Alphonse Dumont

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