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Le taux de reproduction de l’épidémie est enfin en baisse, notre carte de France

La dynamique de l’épidémie stagne. Seconde le dernier score hebdomadaire de Santé publique France, publiées le jeudi 5 novembre, les estimations du taux de reproduction du virus «R» ont fondu de 1,38 à 1,30 entre le 26 octobre et le 1er novembre. Cette baisse est la première depuis fin septembre: entre le 1er et le 29 octobre, le taux effectif est passé de 0,88 à 1,38. L’estimation reproduite sur notre carte est dérivée des visites aux urgences pour un suspect de Covid-19 (données Oscour).

Santé publique France publie également un autre indicateur, indexé sur les hospitalisations (données SI-VIC), également en baisse de 1,42 à 1,31. En revanche, les données SI-DEP, basées sur des tests de laboratoire, étaient absentes du point épidémiologique du 5 novembre, car les données n’ont pas été rassemblées à temps. Ce retard technique est dû au volume élevé de tests effectués la semaine dernière, explique en détail Santé publique France, promettant que la mise à jour sera effectuée prochainement.

Cette absence nécessite de la prudence, même si les trois indicateurs montrent régulièrement des tendances similaires. Le taux de reproduction «R» est utilisé pour calculer le nombre de personnes infectées par un individu porteur du virus. Lorsque le «R» dépasse 1, les scientifiques pensent que l’épidémie progresse. À l’inverse, un taux inférieur à 1 indique une diminution de la contamination.

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Nouvelle Aquitaine et Normandie en déclin

Dans le détail, cinq régions ne bénéficient pas de la baisse nationale du taux de reproduction. La Bourgogne-Franche-Comté (de 1,49 à 1,54), le Centre-Val de Loire (de 1,35 à 1,49) et le Grand-Est (de 1,54 à 1,56) enregistrent des résultats en hausse. L’augmentation la plus spectaculaire se produit dans les Pays-de-la-Loire (de 1,23 à 1,41) et en Bretagne (de 1,15 à 1,33).

Au contraire, 8 régions affichent des données encourageantes. Auvergne-Rhône-Alpes (de 1,51 à 1,38), Corse (de 1,32 à 1,22), Hauts-de-France (de 1,35 à 1,26), Île-de-France (de 1,24 à 1,13), Occitanie (de 1,39 à 1,24 ) et Provence-Alpes-Côte-d’Azur (de 1,49 à 1,36). La Nouvelle-Aquitaine (de 1,57 à 1,36) et la Normandie (de 1,34 à 1,16) ont enregistré les baisses les plus importantes. Les régions où le virus circule le moins sont désormais l’Ile-de-France et la Normandie, tandis que la Bourgogne-Franche-Comté et le Grand-Est sont de retour en tête de ce classement peu enviable.

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Une semaine de contamination record

Même si le taux de reproduction de l’épidémie diminue à l’échelle nationale, il est encore trop tôt pour être optimiste. La plupart des voyants sont toujours en rouge et la contamination atteint des niveaux records. 326 000 nouveaux cas ont été confirmés cette semaine, contre 273 000 la semaine précédente. Les décès (+ 45%) ainsi que les hospitalisations (+ 43%) sont également en hausse. De plus, à partir des données datées du 26 octobre au 1er novembre, il est difficile d’en tirer des leçons de l’efficacité du confinement, mis en place depuis le vendredi 30 octobre.

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Cependant, le taux de reproduction reste un indice pertinent pour mesurer l’évolution de l’épidémie, car il indique une tendance de contamination. Le «R» est également utilisé par l’Institut Pasteur dans les modèles qu’il réalise pour les experts chargés de conseiller le gouvernement, y compris le Conseil scientifique.

Simuler la durée de l’accouchement

De son côté, l’application AntiCovid maintient son optimisme en publiant un taux de reproduction de 1,1. Ce chiffre n’a pas été mis à jour depuis le 31 octobre, mais cette estimation reste bien inférieure au R réel annoncé par Santé publique France dans les points épidémiologiques du 29 octobre et du 5 novembre. Interrogé sur cette lacune, le ministère de la Santé n’avait pas encore réagi au moment de la publication de ces lignes.

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Les différents indicateurs d’épidémie se sont également révélés difficiles pour certains ingénieurs. Guillaume Rozier, spécialiste de l’informatique informatique, a ainsi développé CovidTracker, un outil capable de simuler la durée de confinement à partir du taux de reproduction «R». Grâce à un programme accessible gratuitement en ligne, l’utilisateur peut saisir la valeur du R réel pour les prochaines semaines puis estimer si l’objectif de 5 000 cas par jour, fixé par le gouvernement, sera bientôt atteint. Dans la simulation la plus optimiste, avec un taux plongeant à 1,2 la semaine prochaine puis à 1 la semaine suivante, la durée de l’accouchement serait de 5 semaines, soit jusqu’au 17 décembre.

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Delphine Perrault

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