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Les tests PCR en parlent encore et questionnent la politique de santé française.

Après taux d’incidence plus faible virus en Espagne, objet d’un précédent article, et polémique d’hier à son sujet la différence de nombres de l’ARS des Bouches-du-Rhône et de la direction générale de la santé, c’est aujourd’hui le seuil du cycle en France qui est en cause. Plus précisément en fonction du type de réactifs utilisés, qui sont attribués au niveau européen.

Rappelons que le seuil de cycle (Ct pour «cycle threshold») est le nombre de cycles utilisés par la machine pour détecter le virus. Plus ce nombre est élevé, plus la sensibilité de la machine à la détection de virus est grande. Les professeurs Raoult et Yazdanpanah ont accepté d’utiliser un seuil de cycle entre 30 et 35 afin de ne pas mesurer les faux positifs ou les patients avec des résidus d’ARN viral dans leurs voies nasales.

Dans l’un de nos articles précédents, nous rapportions que le seuil de cycle utilisé était de 42, ce qui avait deux conséquences. Le premier est l’identification d’un grand nombre de personnes non malades. La deuxième préoccupation est liée à la capacité de détection et au nombre de tests. En effet, avec 1 million de tests par semaine et un seuil de cycle élevé, non seulement les personnes non malades sont détectées, mais notre capacité à tester et donc à obtenir des résultats en temps utile (24 heures) est compromise. Il en résulte alors une réelle perte d’opportunité pour les patients réellement malades car ils doivent non seulement attendre pour prendre rendez-vous mais aussi attendre pour obtenir leurs résultats, souvent au-delà du nombre de jours de la période virale.

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Les dernières publications de référence médicale sur ce sujet alertent sur la nécessité de lier le fichier résultat d’un test PCR à l’examen clinique avant de déclarer qu’une personne est malade. En d’autres termes, une personne asymptomatique avec une PCR positive pourrait être diagnostiquée comme non malade. Cela conduit à un biais dans les statistiques de taux d’incidence que les personnes non malades mesurent pour deux raisons: premièrement, un seuil de sensibilité de test trop élevé donne des résultats trop sensibles. Le second, conséquence du premier, détecte ainsi les personnes non malades qui gonflent les statistiques. plus une autre publication s’interroge sur la nécessité de rechercher un quatrième gène cible pour le SRAS Cov2 afin que les tests soient plus fiables et offrent donc une détection plus spécifique de Covid-19.

L’abaissement du seuil de cycle effectif en France pour certains laboratoires

Nous avons observé l’effet d’un seuil de cycle inférieur possible en Espagne sur le nombre de cas détectés.

Aujourd’hui, nous avons obtenu des documents montrant que ce seuil de détection vient d’être abaissé en France aussi, du moins dans plusieurs laboratoires. Suivant l’avis de la Société Française de Microbiologie (SFM) dans son rapport publié le 25 septembre 2020, le seuil significatif du cycle d’excrétion virale qui était de 40 vient d’être relevé à 36 pour certains des laboratoires mentionnés ci-dessus. Cependant, l’avis de SFM, laissé à l’interprétation du biologiste, recommandait une seule lecture indicative de 33.

Le taux d’incidence devrait avoir une chute mécanique. Cela entraînerait un taux de détection plus faible et permettrait d’envisager des retards dans les laboratoires. Pour le bien des vraiment malades.

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En conséquence, certains laboratoires utilisent un niveau de détection depuis un certain temps plus mince que d’autres qui créent disparité entre laboratoires résultant en un plus grand nombre de cas positifs ainsi que les taux d’incidence agrégés en France.

Ces chiffres utilisés pour suivre l’épidémie et décider des mesures sanitaires sont donc surestimés. Dans ce diagramme un étude publiée en BMJ, qui schématise ce qui arrive à 100 personnes. Avec des erreurs de mesure sur les tests, on finit par dire aux gens que vous pouvez sortir, mais qu’ils sont porteurs du virus et infecteront ensuite d’autres personnes sans le savoir, tout comme nous dirons à certains de s’isoler lorsqu’ils sortiront.

Entre le 36, qui était l’adresse du PJ Quai des Orfèvres, et le 33 choisi par les médecins car il a provoqué des vibrations dans la cage thoracique qui nous ont permis de discerner l’état des poumons au siècle dernier, il est clair qu’on ne parle pas de la même chose!

Delphine Perrault

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