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Préoccupations, variantes et Covid-19: photographie de l’épidémie à la mi-février

0). L’étrange cours de la pandémie de Covid-19 qui a commencé en janvier 2020 continue de devenir encore plus étrange. Jetez un œil aux médias et au ton des commentaires sur la santé, vous verrez que les variations ont progressivement envahi l’espace médiatique. Les experts continuent de parler de la variante britannique B117 et des deux variantes exotiques, du Brésil et d’Afrique du Sud. Le coronavirus est assez facétieux. Le virus de la grippe est plus grave. Elle se propage dans l’hémisphère sud, alors que les laboratoires l’étudient pour produire des vaccins destinés à protéger les patients lorsque la grippe atteint le nord après l’arrivée de l’hiver. Le coronavirus ne respecte rien. Les variantes qui circulent en été dans l’hémisphère sud s’invitent au nord en même temps au milieu de la saison hivernale.

1) Pandémie incernible. Le suivi des courbes de cas et de décès révèle des disparités chronologiques et géographiques à grande échelle. Aucun pays ne suit un modèle générique. Il faut noter que ce n’est pas le virus qui crée la pandémie mais les patients infectés qui fabriquent le virus et le transmettent dans un espace régi par les distances sociales de chaque pays auquel s’ajoutent les règles climatiques. Cette observation explique les disparités de contagion, de propagation et de virulence. L’Inde, qui a cessé son emprisonnement il y a quelques mois, voit l’extinction de l’épidémie. Dans les pays scandinaves, la deuxième vague est en baisse. Au Royaume-Uni, aux États-Unis et au Brésil, l’épidémie ne faiblit que légèrement et reste à un seuil de mortalité élevé. En Asie, c’est différent. Les pays insulaires comme Taiwan, la Nouvelle-Zélande et l’Australie sont temporairement en baisse. La Chine est en difficulté politique. Des facteurs démographiques et épigénétiques sont également mis à contribution pour bouleverser les statistiques, sans parler de la santé des populations. Du Japon aux riches pays occidentaux, il passe de 5% de personnes en surpoids à 30 ou 40%. La température et l’humidité de l’environnement semblent influencer le cours des épidémies. Bref, Covid échappe à toute tentative de modélisation accompagnée de projections. De plus, les variantes semblent produire des variations de cinétique épidémique, du moins à Manaus et en Angleterre.

2) Clades et variantes. Si la théorie de l’évolution des espèces est solide dans sa base conceptuelle, avec le concept générique du clade, la virologie ferait mieux de ne pas trop s’inspirer de l’évolutionnisme. Deux concepts sont nécessaires, le gain de fonction et la variation. Le gain de fonction caractérise un changement de dynamisme infectieux pour un virus, un changement de tropisme, pour une espèce ou un tissu, une contagiosité accrue. La variation désigne un changement de la séquence génomique du virus, avec des mutations ponctuelles, des délétions plus ou moins importantes, des insertions, des recombinaisons. Le virus grippal étant segmenté, des échanges génétiques sont possibles et produisent des réassortiments. C’est ce qui s’est passé avec l’émergence du H1N1 en 2009.

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Le SRAS-CoV-2 n’a fait que varier et parfois les variations deviennent dominantes. Soit la mutation est bénéfique et le virus se propage plus rapidement, soit une mutation prend le dessus sur les autres en faveur d’une épidémie qui explose et se propage. La première mutation D614G est devenue dominante. Il n’est pas le cas de parler de clades viraux mais plutôt de branches répertoriées sur l’arbre phylogénétique qui contient désormais des centaines de branches du premier coronavirus enregistré à Wuhan.

B.1.1.7, nom de code de la variante britannique, dont la formule est:

aa: orf1ab: T1001I

aa: orf1ab: A1708D

aa: orf1ab: I2230T

à partir de: 11288: 9

à partir de: 21765: 6

à partir de: 21991: 3

aa: S: N501Y

aa: S: A570D

aa: S: P681H

aa: S: T716I

aa: S: S982A

aa: S: D1118H

aa: Orf8: Q27 *

aa: Orf8: R52I

aa: Orf8: Y73C

aa: N: D3L

aa: N: S235F

Cette variante a 17 altérations qui la distinguent du virus ancestral. S’il est apparemment plus contagieux, les virologues l’expliquent avec la mutation N501Y affectant le spicule, ce qui permettrait au virus de se lier plus facilement au récepteur membranaire ACE2. Les variants brésiliens B.1.1.28 et africains B.1.351 ont également une mutation E484K également localisée sur le domaine de liaison du pic, ce qui le rendrait, comme son homologue britannique, plus apparenté au récepteur. Cependant, une énigme émerge; la mutation en 484 a été enregistrée d’avril à septembre en Galice, Angleterre, Suède, Californie, sans propagation. La sortie accélérée de la variante sud-africaine a commencé vers novembre 2020 et décembre pour la variante brésilienne, qui a été repérée en Argentine et dans d’autres pays. C’est la même configuration pour la mutation 501, enregistrée deux fois en avril, puis à plusieurs reprises en Australie (B.1.1.136) en juin, à la fin août aux Etats-Unis, avec notification B1. Les virus séquencés avant l’automne 2020 n’étaient pas les variants enregistrés depuis novembre; ils n’avaient pas toutes les mutations que l’on observe et qui continuent à augmenter tellement qu’il devient impropre de parler d’une variante anglaise mais plutôt d’une multitude de variantes générées par l’ajout de mutations supplémentaires. Pour info, le variant anglais enregistré comme clade a une divergence de 24 mutations nucléotidiques (produisant 17 changements aa) alors que ses descendants ont maintenant une divergence comprise entre 30 et 40.

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3) Les épidémiologistes parlent d’une épidémie au sein de l’épidémie, voire une seconde épidémie ou une nouvelle épidémie comme l’indique Didier Raoult sans vouloir s’inquiéter. La variante anglaise se répand en France, en Bretagne, dans le FHN, à Dunkerque, sans taux de contamination connu, pourcentages positifs, hospitalisations. “L’épidémie recule et les variantes se propagent”, titre les médias. Ce calme annonce-t-il la prochaine tempête annoncée par l’Inserm? À moins que le virus ne se calme avec une sorte d’explication physiologique, saisonnière ou cosmologique? Les variantes créent l’épidémie, disent les scientifiques. Et si c’était l’inverse, l’épidémie qui progresse et favorise la propagation des variantes? Ou même une épidémie en baisse combinée à une propagation de la variante. Le Danemark est le pays avec la variante la plus anglaise, 1600 le 15 février. Pourtant, ce pays de 6 millions d’habitants a détecté moins de 500 contaminations quotidiennes pendant deux semaines, avec un seuil de 300 en vue, et moins de 10 décès par jour pendant une semaine. Il n’y comprend rien.

4) L’Inserm a modélisé l’épidémie en intégrant la diffusion des variantes. Un sommet estimé à 25 000 admissions par semaine était prévu pour le 22 mars, soit plus du double du chiffre actuel, stabilisé pendant quatre semaines avec un peu plus de 11 000 admissions. Si la proportionnalité est respectée, il devrait y avoir plus de 7 000 réanimations. Le pic de la première vague serait alors dépassé. Et l’avion blanc vient d’être activé, par précaution. En réalité, rien n’est certain sauf une chose, lorsqu’un résultat est troublant, il est largement diffusé dans les médias. L’histoire de cette épidémie montre que les projections ne sont pas fiables et qu’il n’y a pas de lois déterministes permettant de prédire l’évolution de la santé.

5) tout est possible, une augmentation modérée, une stabilisation et même une atténuation lente. L’évolution de l’épidémie en Inde et dans d’autres pays indique une atténuation énigmatique pour que le scénario optimiste soit le plus possible possible comme les prévisions alarmistes de l’Inserm. Si l’épidémie s’atténue, le fossé clinique nécessitera à nouveau des investigations scientifiques sur cette pathologie émergente qui pose un réel défi pour la science et ses quatre disciplines mobilisées. L ‘épidémiologie face à l’étrange parcours de propagation dans les populations et dans le temps. Le clinique face aux multiples symptômes et surtout à l’émergence d’un Covid de longue durée, un événement pas si exceptionnel qu’il se produit avec d’autres infections mais assez inattendu pour un coronavirus, même si le retour d’expérience sur les cas de première infection par le SRAS peut également avoir été mis en évidence à pathologies à long terme. La piste auto-immune est idéale pour Covid durable, en espérant qu’elle ne devienne pas chronique. L ‘immunologie est mobilisé pour comprendre comment l’immunité contre le SRAS-CoV-2 avec des interférences avec les voies de signalisation, MAPK, JAK, etc … échoue et le virologies il doit expliquer comment ces virus sont générés et pourquoi ils acquièrent un gain de fonction, avec des mutations et des variants parfois avantageux et dont la diffusion semble être liée à un avantage sélectif qui devient visible au bout de quelques semaines.

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Enceinte. Comptage de la variante anglaise par pays au 16 février 2020

Royaume-Uni 63088, Danemark 1614, France 847, États-Unis d’Amérique 756, Belgique 693, Espagne 594, Irlande 507, Italie 495, Suisse 488, Pays-Bas 471, Israël 221, Portugal 205, Suède 148, Turquie 142, Autriche 140, Finlande 97, Australie 93, Allemagne 92, Nigéria 75, Slovaquie 70, Ghana 62, Singapour 53, Norvège 51, Jordanie 42, Canada 41, Roumanie 35, Inde 34, Luxembourg 32, Nouvelle-Zélande 26, Émirats arabes unis 21, Islande 20, Brésil 19, République tchèque 17, Sri Lanka 15, Corée du Sud 13, Pologne 11, Sainte-Lucie 9, Thaïlande 7, Équateur 6, Mexique 5, Macédoine 5, Hongrie 5, Lettonie 5, Slovénie 4, Grèce 4, Hong Kong 4, Jamaïque 4, Barbade 3, Bangladesh 3, Gambie 3, Îles Caïmans 2, Malaisie 2, République démocratique du Congo 2, Pakistan 2, Pérou 1, Iran 1, Argentine 1, Oman 1, Koweït 1, République dominicaine 1, Trinité-et-Tobago 1, Afrique du Sud 1, Bosnie-Herzégovine 1, Taïwan 1

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Delphine Perrault

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